Über dem Gekreuzigten weist im Altargiebel Gottvater auf seinen vom Leid gezeichneten toten Sohn. Der rechte Altar ist als Skapulieraltar gestaltet: Maria mit dem Kind, die Krone auf dem Haupt, überreicht dem heiligen Simon Stock das Skapulier. Unter der Madonna sieht man eine um Erlösung flehende Menschengruppe inmitten der Flammen des Fegefeuers. Ein Engel bringt ihnen Linderung und weist die Armen Seelen tröstend nach oben zu Maria und zu Christus, der mit dem Kreuz in der Hand oben im Altargiebel zu ihnen hinabblickt. Die anderen sechs Seitenaltäre haben alle die gleiche einfache Grundform, mit Altarbildern unterschiedlicher Qualität zwischen gewundenen Säulen und Rokoko-Giebelaufsätzen. Die beiden hintersten Altäre sind zusätzlich noch mit je zwei Heiligenfiguren an den Säulen geschmückt. Die Gemälde aus dem 17. und 18. Jahrhundert zeigen jeweils den Heiligen, dem der Altar geweiht ist: links von hinten nach vorne: Florian, Sebastian, Augustinus; rechts in der gleichen Reihenfolge: Hl. Familie, Forenus, Kunigunde.

Wie in der Längsrichtung von der Vorhalle bis zum Presbyterium eine Steigerung in der Altargestaltung und dann in der prunkvollen Ausstattung des Chorraums den Kirchenbesucher zum Hochaltar als dem Mittelpunkt der Baumburger Stiftskirche hinführt, so steigert sich ganz allmählich auch der Schmuck des Langhauses nach oben zu von den schlichten Wandpfeilern bis zum großen Deckenfresko. Über den Seitenaltären setzen an den fast schmucklosen Wandpfeilern die weiß und ocker getönten Kapitelle den ersten Akzent. Eine STeigerung folgt dann in den brokatbemalten und sparsam stuckierten Gurtbögen der Pfeilernischen. Erst darüber beginnen am Gewölbeansatz die variantenreichen Muschelforemen des Stuckdekors, das rungsum auf die geradezu üppige, vielfach geschwungene Rahmung des Langhausfreskos mti Putti, Rocaillebögen, Blumengirlanden und Blätterwerk hinzuleiten scheint. Auch das Deckenfresko selbst, das über vier Joche hinweg ausgebreitet ist, führt klar auf einen MIttelpunkt zu, nämlich auf die Darstellung der AUfnahme des von Heiligen seines Ordens umgebenen Kirchenlehrers AUgustinus in den Himmel durch die Heilige Dreifaltigkeit. Ringsum schildert der Asam-Schüler und kaiserliche Hofmaler Felix A. Scheffler in einer Vielzahl farbenprächtiger Einzelszenen das Leben des heiligen AUgustinus und das Wirken des von ihm gegründeten Chorherrenordens. Da fehlt nichts, was barocke Phantasie sich an dramatiwchen Begebenhieten auszudenken vermochte: von der Meerfahrt der AUgustiner-Missionare bis zu den mordlustig, aber vergeblich gegen sie anstürmenden Türken. Die Hauptszenen sind vorn am Chorbogen und hinten vor der ORgelempore konzentriert. Gegen den Chor zu hat Scheffler einen dreifachen Triumphbogen gemalt. In der Mittelöffnung beugt AUgustinus sein Knie under dem Kreuz der Madonna. Links daneben ist seine wunderbare Bekehrung dargestellt und rechts seine Tauife durch den heiligen Ambrosius. Als Gegenstück dazu schildert Scheffler vor der Orgelempore in einer drmatischen Szene das Wirken des heiligen Augustinus als Kirchenlehrer und Bekämpfer der Irrlehren seiner Zeit: Inmitten seiner Bibiliothek sintzend trifft ihn der Gnadenstrahl des Heiligen Geists und geht als Bannstrahl zu den vom Teufel besessenen Irrlehrern weiter.

Während die Stiftskirche - mit Ausnahme der romanischen Westfassade - ein einheitlicher Bau des Rokoko ist, hat di Gotik ihre Spuren in den Räumen zu beiden Seiten des Presbyteriums hinterlassen. An der Südseite der Kirche blieb rechts vom Chorraum un den ummauerten Seitennischen nicht nur ein Teil des Kreuzganges (mit bedeutenden Grabsteinen des 15. und 16. Jahrhunderts) erhalten, sondern auch die jetzt als Sakristei dienende ehemalige Toerringkapelle. Man sieht es ihr wegen der vollständigen brocken Umgestaltung im 17. Jahrhundert nicht mehr an, daß sie bereits am 9. Dezember 1382 geweiht wurde. Gestiftet hat einst diese Kapelle der 1418 verstorbene Ritter Oswald von Toerring, Besitzer der nahegelegenen Burg Stein an der Traun. Er wurde auch hier bestattet, wie sein Wappenstein an der Wand der Sakristei beweist. Dieses Denkmal, das ihm um das Jahr 1402 seine dritte Frau, Ursula von Laiming, meißeln ließ, ist nicht nur eines der ältesten, sondern auch schönsten in der an kunstvollen Epithaphien so reichen Baumburger Kirche . Es stammt, wie das berühmte Grabmonument des Pfalzgrafen Aribo in der Abteikirche Seeon, von dem Bildhauer Hans Haider. Die Platte aus rotem Marmor zeigt einen Ritterhelm mit hoch aufragender Helmzier, die zwei bärtige Männer halten; umrahmt ist diese Reliefdarstellung mit einem Schriftband un mit Wappenschilden an den vier Ecken. Darunter tragen zwei schräg liegende Löwen das Wappen der Toerringer. An die Nischenräume links vo Presbyterium mit besonders eindrucksvollen Grabsteinen schließt die sogenannte Grabkapelle an, im Jahre 1441 als Sakristei errichtet. Sie wurde im 17. Jahrhundert barock umgebaut und erhielt damals eine frühbarocke Stuckierung von reizvoller Eigenart. Au dem ehemaligen Altarsockel steht jetzt eine gotische Kreuzttragungsgruppe aus der Zeit um 1500, die sich früher ziemlich verwahrlost in einer Kapelle nahe dem STift befand und vor einigen Jahrzehnten nach gründlicher Restaurierung hierher gebracht wurde. Es handelst sich um eine ziemlich seltene ARt der plastischen Zusammenfassung des Leidenswegs Christi in einer einzigen Figurengruppe: Dem unter seiner Last zusammenbrechenden Christus hilft Simon das Kreuz tragen; dahinter stehen Maria, der Apostel Johannes und die weinenden Frauen.