Diese Säulen flankieren in ausdrucksvoller Bewegtheit links die überlebensgroßen Figuren der heiligen Katharina und des heiligen Augustinus, rechts des heiligen Rupert und der heiligen Barbara, alle aus weißem Stuckmarmor. Zwischen den Säulen fassen an der Chorwand zwei farblich darauf abgestimmte Pilaster das Hochaltarbild ein und tragen darüber gemeinsam mit den Säulen das Gesims. Aus diesem wiederum wächst der vielfach geschwungene Rahmen aus Stuckmarmor des Altarauszuges hervor, in den ein Bild der Himmelfahrt Mariens eingefügt ist und über dem ein kronenartiger Baldachin aus weißem Stuck schwebt. Von dieser Krone nimmt der reich drapierte, von Stuckengeln gehaltene und geraffte, schilfgrüne Stuckvorhang seinen Ausgang, der vom Gewölbescheitel bis hinunter zur Sockelzone den gesamten Altaraufbau seitlich einfaßt und gleichsam mit der Chorwand verbindet. Der Hochaltar ist eine Gemeinschaftsleistung jener Wessobrunner Künstler, die unter der Leitung von Bernhard Rauch die ganze Kirche meisterhaft stuckiert haben.
Die imposante Schaufront des Hochaltars wird beherrscht vom großen Altarbild, das der aus dem Schwarzwald stammende Augsburger Maler Joseph Hartmann geschaffen hat. In einer auf mehreren Bildebenen sich abspielenden Handlung hat der Künstler die Verehrung, das Martyrium und die Aufnahme in den Himmel der Kirchenpatronin Sankt Margareta dargestellt. Die gute Komposition und die lebensvolle Darstellung, die vor allem auch in sehr individuellen Porträtbildern ihren Ausdruck findet, zeigt an, daß hier ein Könner am Werk war. Während das Martyrium der Heiligen mit einer Enthauptungsszene im Hintergrund der Bildmitte nur andeutungsweise behandelt ist, wird darüber ihrer Aufnahme in den Himmel eine um so beherrschendere Rolle zugewiesen. Auf einer Wolke sitzend und mit der rechten Hand das Kreuz haltend, streckt Christus der heiligen Margareta einladend die linke Hand entgegen. Darunter stößt ein Engel den Teufel in Gestalt eines Drachen in die Hölle. Nicht weniger Sorgfalt hat der Künstler der irdischen Szenerie gewidmet: Während rechts unten hilfsbedürftige Menschen Sankt Margareta um ihre Fürsprache bei Gott anflehen, fällt den linken unteren Bildteil die Darstellung eines Fürstenpaares, das der Heiligen dankend ein kleines Kind entgegenhält. Dargestellt sind König Ludwig XIV. von Frankreich und seine Gemahlin Maria Theresia mit dem neugeborenen Dauphin auf den Armen. Sie haben eine Art Stellvertreterrolle für das bayerische Kurfürstenpaar zu spielen, die ein Jahr nach der Kirchenweihe der Festprediger zur 600-Jahr-Feier der Baumburger Stiftskirche folgendermaßen beschrieben hat: "Was wir alle wünschen, ist jener Wunsch, was Ludwig XIV., König von Frankreich, so sehnlich gewunschen, nämlich auch, wie das Altarblatt vorstellt, durch mächtige Fürbitt der heiligen Margareta von Gott zu erhalten die so lange gewünschte Erbfolge . . . " Die heilige Margareta galt früher als Helferin bei kinderlosen Ehen, und eben eine solche führten der damalige bayerische Kurfürst Max III. Joseph und seine Gemahlin Maria Anna, die 1756 Baumburg besuchten. Vielleicht hat das Kurfürstenpaar dieses Altargemälde gestiftet. Der Wunsch nach einem Erbprinzen blieb aber unerfüllt: Mit dem Tod Max III. Josephs starb 1777 die altbayerische Linie der Wittelsbacher aus.

Mit einfachsten Mitteln wurde durch eine geschickte Emporenlösung die Westwand der Stiftskirche zu einem wirkungsvollen Gegenüber der Chorwand gestaltet. Da der Raum zwischen den beiden Türmen ziemlich schmal, die Kirche aber sehr hoch ist, baute Franz Alois Mayr eine Doppelempore, wobei die obere Empore gegenüber der unteren etwas zurückversetzt ist und zu beiden Seiten an die Turmecken anschließt. Die untere Empore tragen zwei, die obere drei Säulen. Jede Empore wird durch zwei Fenster in der Westwand erhellt. Die an sich schlichte Emporengestaltung erhält ihre Eleganz durch den zwar sparsam verwendeten, aber wirkungsvoll komponierten Stuckdekor, mit dem die leicht nach vorn gewölbten Emporebrüstungen und die Deckenflächen geschmückt sind. Unter die großflächigen Rocailleformen sind an der oberen Brüstung Blütengirlanden gestreut. Zwischen der Decke und den Kapitellen der drei Säulen auf der unteren Empore hängt ein schmaler Stuckvorhang. Auf der oberen Empore hat die Orgel ihren Platz gefunden, deren vornehmer Orgelprospekt aus der Zeit um 1670 den Kirchenumbau der Rokokozeit überdauert hat. Über der Orgel nimmt das Deckenbild von Felix Anton Scheffler auf jene irdischen Konzerte Bezug, welche die musikliebenden Chorherren von Baumburg dort oben in luftiger Höhe so oft veranstaltet haben: Ein Engel hält im Vordergrund ein aufgeschlagenes Buch mit der lateinischen Inschrift "Lobt Gott alle seine Engel". Daneben spielt König David auf der Harfe, und dahinter singt und musiziert eine große Engelschhar. Ziemlich schmucklos ist die niedere Vorhalle unter den Emporen, die vom Langhaus der Kirche durch ein kunstvoll geschmiedetes, mannshohes Eisengitter abgegrenzt wird Man gelangt in diesen dämmerigen Raum, der den Blick sofort auf die Weite und Helle des Langhauses lenkt, unmittelbar durch den halbrunden Vorbau an der Westfassade. Die Vorhalle ist eine Erinnerungsstätte an die Klostergründer; in die Wände sind die mittelalterlichen Gedenksteine für die in der Kirche begrabenen Stifter - Gräfin Adelheid mit ihren drei Ehemännern und einige ihrer Nachfahren aus dem Geschlecht der Grafen von Ortenburg-Kraiburg - sowie für den zweiten Baumburger Propst Gottschalk eingefügt.

Im Vergleich zum prunkvollen Hochaltar sind die meisten Seitenaltäre der Kirche recht bescheiden und handwerklich konventionell. An ihnen spürt man heute noch, daß dem Stift im 18. Jahrhundert nicht genügend Baumittel zur Verfügung standen. Ursprünglich sollten ja, wie aus dem Briefwechsel des Propstes Joachim Vischer mit dem Salzburger Konsistorium hervorgeht, sämtliche Seitenaltäre aus der alten in die neue Kirche übernommen werden. Dazu konnte man sich zwar nach Abschluß der Bauarbeiten nicht mehr entschließen, aber offensichtlich wurden die meisten Gemälde und auch andere Teile der alten Altäre wiederverwendet. Völlige Neuschöpfungen, und zwar von beträchtlicher künstlerischer Qualität, sind nur die beiden vordersten Seitenaltäre in den Nischen rechts und links des Chorbogens. Sie stammen in Entwurf und Ausführung von dem Trostberger Bildhauer Johann Georg Kapfer, der oft mit dem Baumeister Franz Alois Mayr zusammengearbeitet hat. Auf der linken Seite ist der Kreuzaltar aufgerichtet. Vor einem stuckierten Hintergrund mit Büschen, Wolken und Engelsköpfen steht mit leiderfülltem Gesicht Maria unter dem Kreuz. Mit ihr trauern zu beiden Seiten Maria Magdalena und der Apostel Johannes.