Zwar hatte Propst Michael Doegger noch vor dem Klosterneubau schon um das Jahr 1690 die Stiftskirche barockisieren lassen, doch bereits 60 Jahre später war man damit nicht mehr zufrieden. Trotz der vom Klosterbau noch vorhandenen Schulden ließ der baufreudige Propst Joachim Vischer (174~1761) zum 6oojährigen Weihejubiläum der Stiftskirche diese von 1755 bis 1757 durch den Trostberger Baumeister Franz Alois Mayr fast von Grund auf neu errichten. Dadurch erhielt der Chiemgau seine wohl schönste Kirchenschöpfung des Rokokos. Für das Stift Baumburg jedoch erwiesen sich damals die Baukosten von über 50 000 Gulden als ein derartiger Hemmschuh, daß es sich bis zur Aufhebung im Jahre 1803 nicht mehr davon erholen konnte. Die Bauschulden allein scheinen es aber nicht gewesen zu sein, die im späten 18. Jahrhundert das Stift an den Rand des Ruins brachten. Propst Guarinus Steininger (1761-1778), der auf den Bauprälaten Vischer folgte war nämlich ein so schlechter Wirtschafter, daß die Schulden bis zu seinem Tode (1778) auf die Summe von 120 000 Gulden anschwollen. Die Chorherren durften deshalb bis 1786 keinen neuen Propst mehr wählen, und ihr Stift wurde unter Administration gestellt.

Von den Pröpsten Albert Knoll (l786-1789) und Franz Krumb (1790-1801) konnte die Schuldenlast zwar etwas verringert werden, doch eine Wendung zum Besseren trat unter dem jungen Propst Franz Lindemann (1801-1803) erst dann ein, als es bereits zu spat war: Am 22. März 1803 kam der Traunsteiner Landrichter Cajetan Endorfer als kurfürstlicher Lokalkommissär nach Baumburg und teilte dem Konvent die Aufhebung des Augustinerchorherrenstifts mit. Die Versteigerung der Kloster- und Wirtschaftsgebäude sowie des beträchtlichen Grundstücksvermögens zog sich vom Juli 1803 bis zum Mai 1812 hin. Die Stiftskirche blieb im Staatsbesitz, weil sie künftig als Pfarrkirche von Altenmarkt dienen sollte. So wurde wenigstens sie von der barbarischen Zerstörung verschont, die bald nach der Versteigerung begann. Vom ehemals so weitläufigen Gebäudekomplex des Stiftes blieben nur ein Teil des Konventstockes neben der Kirche, der jetzt als Pfarrhof dient, der sogenannte Gartentrakt und der größte Teil der Wirtschaftsgebäude samt dem einstigen Brauhaus erhalten.

Die Klosterstürmer der Säkularisation und ihre nur auf raschen Gewinn bedachten Nutznießer haben zwar auf Baumburg ein Zerstörungswerk gewaltigen Ausmaßes vollbracht, doch die Stiftskirche blieb erhalten. Sie ist nicht nur die größte und schönste Rokokokirche des Chiemgaus, sondern mit ihrer weitgehend unverändert gebliebenen romanischen Westfassade auch ein Geschichtsdokument aus der Gründungszeit des Augustinerchorherrenstiftes. Von der ersten, am 12. Juli 1023 durch Erzbischof Hartwig von Salzburg konsekrierten Klosterkirche wissen wir nicht mehr als dieses Weihedatum. Ihre Nachfolgerin hingegen, die ein Jahrhundert später entstand und am 12. Juni 1156 durch Erzbischof Eberhard von Salzburg unter Assistenz der Bischöfe Hartwig von Regensburg und Hartmann von Brixen geweiht wurde, läßt sich in ihrer Grundform anhand alter Abbildungen recht zuverlässig rekonstruieren. Die frühesten Anhaltspunkte dafür bietet das aus dem 15. Jahrhundert stammende Epitaph der Klosterstifterin Adelheid in der Vorhalle der Kirche. Auf ihm ist in eindrucksvoller Reliefarbeit die Gräfin Adelheid mit einem Modell der Stiftskirche dargestellt, das allerdings in starker Stilisierung schon gotische Formen und nur eine Apsis zeigt. Mit ziemlicher Sicherheit handelte es sich bis zum Neubau im 18. Jahrhundert um eine dreischiffige Basilika ohne Querschiff, mit drei Apsiden im Osten und einer Zwei-Turm-Fassade im Westen. Der erste Altar dieser Kirche, ein Marienaltar, wurde bereits am 8. November 1140 geweiht, was auf eine ziemlich lange Bauzeit hindeutet. Das ist auch nicht verwunderlich, denn das romanische Münster hatte beträchtliche Ausmaße. Wir wissen, daß von 1755 bis 1757 Baumeister Franz Alois Mayr die neue Kirche unter Verwendung der alten Fundamentmauern errichtet hat. Ihre Vorgängerin muß also ebenfalls etwa 46 Meter lang und 19 Meter breit gewesen sein. Während mit der Westfassade ein wesentlicher Teil des romanischen Baukörpers erhalten blieb, hat von der ursprünglichen Kirchenausstattung nur ein romanischer Türgriff in Form eines Löwenkopfes am Hauptportal die Zeiten überdauert. Von der vermutlich sehr reichen gotischen Kircheneinrichtung künden heute nur noch die zahlreichen und zum Teil recht kunstvollen Grabdenkmäler.

Die gotische Ausstattung der Stiftskirche hatte nicht lange Bestand, denn von den verheerenden Bränden der Jahre 1533 und 1539 wurde auch die Kirche in Mitleidenschaft gezogen. Bei der Wiederherstellung dürfte die Renaissance auf Baumburg Einzug gehalten haben, doch ist über die Umbauten nichts Näheres bekannt. Erhalten blieb davon nur - außer einigen Epitaphien - das 1602 entstandene, reich intarsierte und im 18. Jahrhundert geschickt mit Rokokoschnitzereien angereicherte Chorgestühl im Presbyterium. Ziemlich zuverlässig wissen wir über die Barockisierung der Stiftskirche Bescheid, die im 17. Jahrhundert in zwei Etappen erfolgte. Der Anfang dazu wurde bereits zwischen 1637 und 1648 gemacht. Damals ließ Propst Johann Zehentner den Lettner beseitigen, die Kirchenfenster vergrößern, die Orgel auf die Westempore verlegen und die Kirche ausmalen. Die Kirchtürme erhielten anstelle der bisherigen Spitzhelme die jetzigen frühbarocken Zwiebelhauben. Eine erneute Umgestaltung der Kirche erfolgte gegen Ende des 17. Jahrhunderts unter Propst Michael Doegger. Vermutlich war er es, der die drei Ostapsiden zu jener Form umgestalten ließ, wie sie Michael Wening auf seiner Klosteransicht darstellte. Damals wurden auch die Altäre barockisiert, und die jetzige elegante, reich geschnitzte Kanzel stammt ebenfalls aus der Zeit um 1700. Nach allen diesen Veränderungen ist es um so erstaunlicher, daß bereits ein halbes Jahrhundert später an eine erneute und diesmal besonders radikale Umgestaltung der Stiftskirche herangegangen wurde. In einem Brief an das Salzburger Konsistorium vom 18. Dezember 1754 hat sie Propst Joachim Vischer damit begründet, daß durch die zu flachen Dächer der Seitenschiffe ständig Wasser eindringe, weshalb die Gewölbe einzustürzen drohten und man die Kirche möglichst rasch unter ein einziges Dach bringen müsse. Er verschwieg dabei, daß zur 600-Jahr-Feier der Stiftskirche im Jahre 1756 ein über die bloße Bausanierung weit hinausreichender fast völliger Neubau geplant war. Schließlich ließ Baumeister Franz Alois Mayr vom alten Bau nur die Fundamentmauern und die Westfassade mit den beiden Türmen stehen, deren romanische Strenge er durch einen geschwungenen Giebel und halbrunden Eingangsvorbau milderte.